即使現今生物技術的進展十分快速，但是在園藝植物的育種上，傳統的雜交法仍然是一切的基礎。育種者除了考量花型、花色外，花朵壽命...

1970年以前，蝴蝶蘭的育種多注重白花的花型及花朵大小的改良；1970~1990年的蝴蝶蘭育種則著力於單朵花的改進，以趣味栽培者為主要消費對象，交配親代也較為特殊，因而較少具有發育性的種子，一旦獲得開出珍奇花朵的實生苗，則身價非凡，例如Phal. Yip 雜種的未開花實生株在1980年一株叫價新台幣一萬元；1978年的「黃帝」（P. Golden Emperor ‘Sweet’）母株與分生株共17株以新台幣300萬元成交（詳見82頁〈專利趣談：黃帝〉）。

隨著蝴蝶蘭企業的國際化，育種者除了考量花型、花色外，花朵壽命、花梗長短、葉型葉姿、易養性、開花性、抗病性以及交配組合所能生產的種子量等，都是在選擇親代組合時一併考慮的因素，以期能培育出符合消費者需求、又能以普及價格供應國內外市場的蝴蝶蘭。

在2000年以前，台灣生產外銷的蝴蝶蘭，受限於分生苗微體繁殖生產成本，除了極少數的品種是用分生苗量產外，大部份是以雜種實生苗為主要的商品型態，方法是由兩個優良的親代雜交，將未成熟的種子置於試管內播種、萌芽後，經母瓶、中母瓶和子瓶等階段（約10~12個月），再從瓶中移出，成長為小苗、中苗、大苗，最後則是開花株（約18~24個月）。國內市場是以開花株的盆花為主，外銷市場則以瓶苗及大苗為主。

評估哪個雜交組合的實生苗最適合市場需求，是極為重要的工作，評估的方式是「後裔檢定」（progeny test），這是為育成蝴蝶蘭商業雜種所採用的育種方法。為了培育出符合企業化栽培的新品種，育種者必須收集各種不同特性的蝴蝶蘭做為基因的來源，並靈活運用，才有可能達成心目中理想的品種。以台灣蝴蝶蘭企業化產業的先導者台糖公司為例，他們的「種原室」即收集、保存了42種蝴蝶蘭原生種以及1600多個優良品種，可做為育種的親代；同時也調查了植株園藝性狀及開花性等，並以電腦建檔。 每年到了開花期，台糖的育種人員即根據育種的目標，就保存種源的優缺點，擬定適當組合進行雜交。雜交的果莢成熟後，便進行無菌播種，經過一連串的培育過程，每一種雜交組合可得到250~500個子代。育種人員會在瓶苗、小中苗，和最後的開花期三個階段進行評估，之後還要經過幾次選拔，通過的品種才會進行試銷及登錄命名。若有特性優良的單株，部份可留做種源保存，以備進一步的改良，部份則提供做為商業用分生苗品種。