台南縣政府在蘇煥智縣長的規劃和爭取下，於2004年獲得農委會核准設立，並爭取到20.6億元的建設經費，園區於2004年2月動土興建，規劃的總開發面積為175公頃，共分五期開發，地理位置位於台南縣後壁鄉烏樹林（台南縣市合併升格後，改為台南市後壁區烏樹林）。

        台灣蘭花生物科技園區的經營主體為台南市政府，蘭花業者向台南市政府承租土地後，自行依市府規範，興建蘭花生產溫室。業者每季向台南市政府繳交，土地租金與管理費。至於業者經營形態與績效，由業者自行負責。（2022年7月15日起，蘭花園區將由台南市政府與農委會共管至2022年12月31日，之後經營主體將由台南市政府轉交給農委會負責）